针对农产品行业税负率偏低的实际情况，该区国税部门积极研究行业税收管理存在的薄弱环节，强化措施，狠抓该行业的清理整顿，对税负低于全省行业平均税负的29户企业进行了集中清理检查，检查转出留抵税额343万元，评估增值税188万元，检查后税负率达到0.78%。一是查找存在问题。针对行业的特点，通过分析农产品行业突出存在税负率偏低、税收贡献率低、擅自扩大农产品收购凭证开具范围、不按规定索取普通发票、虚开收购价格、虚开收购数量、内销收入不入账等问题。二是开展解剖式检查。针对分析存在的行业突出问题，抽调稽查、管理分局、业务科室等相关部位的业务骨干，选取规模较大、税负率偏低的重点业户开展了解剖式检查，全面找出了行业偷税的手法。三是部署纳税人自查。根据分析和解剖发现的问题，及时组织该行业的纳税人召开了集体约谈会议，明确了纳税人自查的重点内容和时限，全面部署纳税人开展自查自纠工作。四是开展重点检查。对自查不认真、不报送自查报告或自查达不到税负要求的，纳入重点检查对象，采取稽查手段，开展外调方式对农副产品收购凭证开具真假进行调查取证。对重点检查发现的问题严格进行补税并处一倍罚款。五是进一步规范税收管理。要求企业加强农产品收购凭证的使用管理，严格按照农产品开具范围开具收购凭证，对大宗购进农产品必须实行报告制度，由税务机关核实业务的真实性、销售对象的确认，然后再进行处理。安排专门财务人员负责从收购凭证的领购使用、农产品原料购入、大宗收购实行产地证明、入库报告、农副产品定价备案制、投入产出到利润水平等方面的记录和核算，完善农产品行业税收核算。
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